Conformément aux dispositions pour la période 2000-2006, et à la place du régime précédent d'avances permanentes, la Commission rembourse les paiements effectués par les bénéficiaires, soit après les appels à manifestation d'intérêt, l'instruction des demandes, le choix des projets à financer, les actes d'octroi, les appels d'offres, le démarrage des projets, les paiements, les contrôles et la déclaration à la Commission- qui dispose de 60 jours pour payer-.
Anstelle des bisherigen Systems der ständigen Vorauszahlungen erstattet die Kommission gemäß den Bestimmungen für den Zeitraum 2000-2006 die von den Endbegünstigten getätigten Zahlungen, das heißt erst im Anschluss an Aufrufe zur Interessenbekundung, die Bearbeitung von Anträgen, die Auswahl der zu finanzierenden Projekte, Zuwendungsbescheide, Ausschreibungen, den Start der Projekte, Zahlungen, Kontrollen und Ausgabenerklärungen an die Kommission. Die Kommission verfügt über eine Zahlungsfrist von 60 Tagen.