Inoltre, anche stabilendo la medesima pena applicabile ad un reato, vi sono notevoli divergenze nelle norme della parte generale del diritto penale degli Stati membri, che comportano una differenza tra la pena pronunciata e quella eseguita (ad esempio per quanto concerne le indagini e le notizie di reato, l'applicazione del principio dell'obbligatorietà o dell'opportunità dell'azione penale, il livello di pena pronunciata e quella effettivamente eseguita).
Selbst wenn für eine Straftat dieselbe Strafe festgelegt wird, bestehen doch große Unterschiede im allgemeinen Strafrecht der Mitgliedstaaten, die dazu führen, dass die verhängte Strafe nicht mit der vollstreckten Strafe übereinstimmt (zum Beispiel bei der Strafverfolgung, der Anwendung des Legalitäts- und Opportunitätsprinzips, der Höhe der verhängten Strafe und der Strafe, die tatsächlich vollstreckt wird).