In seguito viene introdotto il sistema di gestione, che comporta la ripartizione delle responsabilità, la formazione del personale, l'elaborazione della documentazione di riferimento, la scelta di una serie di obiettivi e traguardi ambientali (secondo il livello di ambizione ritenuto opportuno dall'autorità responsabile), la definizione di un programma di azioni per conseguire tali obiettivi, l'assegnazione delle risorse e l'introduzione di un sistema di audit per la raccolta dei dati e la verifica del funzionamento del sistema di gestione e dei progressi compiuti nella realizzazione degli obiettivi.
Daraufhin wird das Managementsystem eingerichtet; dieser Prozess umfasst die Zuweisung von Verantwortlichkeiten, Ausbildung von Arbeitnehmern, Dokumentation, Auswahl von Umweltzielen (deren Anspruch im Ermessen der Behörde liegt), Festlegung eines Aktionsprogramms zur Verwirklichung dieser Ziele, Ressourcenzuteilung sowie Einrichtung eines Auditsystems zur Erfassung der relevanten Daten sowie zur Beobachtung des Systems und der Fortschritte bei der Verwirklichung der Ziele.