In linea con uno dei suoi compiti principali, nel 2006 FRONTEX ha cominciato a organizzare e coordinare operazioni congiunte alle frontiere esterne dell'Unione europea concentrandosi sulle aree ad alto rischio di immigrazione clandestina, come le Canarie, il Mediterraneo, le frontiere terrestri orientali e i principali aeroporti europei.
Entsprechend einer ihrer Hauptaufgaben hat FRONTEX 2006 damit begonnen, gemeinsame Aktionen an den Außengrenzen der Europäischen Union zu organisieren und zu koordinieren, wobei der Schwerpunkt auf Gebieten mit einer hohen Gefahr illegaler Einwanderung (Kanarische Inseln, Mittelmeer, östliche Landgrenzen und große europäische Flughäfen) lag.