La gestione di ISPA, come il Parlamento ha già avuto modo di osservare nella sua risoluzione sui fondi strutturali, il fondo di coesione e ISPA (A5-202/2002), e secondo ciò che la Corte dei Conti ha rilevato nella Relazione annuale per il 2000, ha incontrato non poche difficoltà al momento della sua attuazione concreta, a partire dall'anno di programmazione 2000.
In der ISPA-Verwaltung sind, wie das Parlament in seiner Entschließung zu den Strukturfonds, dem Kohäsionsfonds und dem ISPA (A5‑0202/2002) und der Rechnungshof im Jahresbericht für 2000 bereits bemerkt haben, bei der konkreten Durchführung ab dem Programmplanungsjahr 2000 etliche Schwierigkeiten aufgetreten. Wenn man bedenkt, wie innovativ das Programm selbst war und dass nach Gemeinschaftsvorschriften Projekte in Ländern durchgeführt werden mussten, die nicht der EU angehören und in denen solche Vorschriften nicht gelten und häufig schlicht unbekannt sind, waren diese Schwierigkeiten zum Teil absehbar.
