In secondo luogo, l'esistenza di procedure diverse ha considerevolmente ostacolato la cooperazione tra i beneficiari dei programmi Interreg e Tacis di CTF, mentre i fondi Phare disponibili per promuovere progetti comuni o collegati sono stati molto scarsi, in particolare perché le regioni dei paesi Phare confinanti con i nuovi Stati indipendenti non erano ammissibili al programma Phare di CTF.
Zweitens stellten unterschiedliche Verfahren eine große Hürde für die Zusammenarbeit zwischen den Begünstigten des Interreg-Programms und des Tacis-CBC-Programms dar, während gleichzeitig nur sehr wenige Phare-Mittel zur Förderung gemeinsamer oder miteinander verknüpfter Projekte zur Verfügung stehen; ein Grund dafür ist die Tatsache, dass die an die NUS angrenzenden Regionen der Phare-Länder nicht im Rahmen des Phare-CBC-Programms förderfähig waren.