Dopo un periodo transitorio sotto la responsabilità della Commissione, l'agenzia europea per la gestione operativa dei sistemi IT su larga scala nello spazio di libertà, sicurezza e giustizia (EuLISA) è stata responsabile, sin dal 1o dicembre 2012, della gestione operativa di VIS centrale e delle interfacce nazionali.
Nach einem Übergangszeitraum, während dessen die Kommission zuständig war, ist seit dem 1. Dezember 2012 die Agentur für das Betriebsmanagement von IT-Großsystemen im Bereich Freiheit, Sicherheit und Recht (eu-LISA) für das Betriebsmanagement des zentralen VIS und der nationalen Schnittstellen zuständig. eu-LISA stellt die Kommunikationsinfrastruktur zwischen diesen beiden sicher und ist zudem für die Kontrolle, Sicherheit und Koordinierung der Beziehungen zwischen den teilnehmenden Mitgliedstaaten und dem Betreiber zuständig.