Il campionamento dovrebbe essere mirato a lotti o casi in cui è più probabile che si verifichi la contaminazione crociata con le proteine trasformate vietate (ad esempio, il primo lotto dopo il trasporto di mangimi contenenti proteine animali che sono vietate per quel lotto, problemi tecnici o cambiamenti nelle linee di produzione, cambiamenti nei silos di stoccaggio o nei silos destinati al materiale sfuso).
Die Probenahme sollte auf Partien bzw. Zeitpunkte ausgerichtet werden, in bzw. zu denen eine Kreuzkontamination mit verbotenem verarbeiteten Protein am wahrscheinlichsten auftritt (z. B. die erste Partie nach dem Transport von Futtermitteln, die tierisches Protein enthielten, das jedoch in der beprobten Partie nicht vorkommen darf, technische Probleme oder Änderungen, die bei den Produktionsstraßen auftraten bzw. vorgenommen wurden, Änderungen in Bunkern oder Silos, die zur Lagerung von Schüttgut dienen).